Les travaux de recherche de l'IRHT sont menés au sein de sections d’étude aux effectifs très variables, certaines définies par un champ linguistique (arabe, grec-copte-syriaque, hébreu, latin, oc et oïl), d’autres par un champ thématique ou disciplinaire (diplomatique, paléographie, histoire des bibliothèques anciennes, lexicographie, papyrologie, histoire des sciences et musicologie, iconographie, humanisme).
Dans la plupart des cas, ce sont les corpus documentaires qui ont dicté l’existence de ces sections et qui la justifient en dernier ressort. Une autre manière de mettre en avant cette activité est de l’ordonner autour de quelques thèmes : manuscrits et imprimés anciens ; textes et images ; savoirs et cultures.