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Certaines collections ont été constituées pour recevoir les publications des résultats des programmes de recherche de l'IRHT (catalogues de manuscrits datés, catalogues de reliures médiévales, etc.). D'autres accueillent des travaux de chercheurs extérieurs à l'IRHT, dans le cadre du thème de la collection (Documents, études répertoires, Sources d’histoire médiévale, Europa Humanistica, Studia Artistarum). Nos collections sont publiées par CNRS éditions ou Brepols.
Les deux principales collections de l'IRHT sont : Documents, études répertoires (DER) depuis 1948 et Sources d’histoire médiévale (SHM) depuis 1965.