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Dans la culture manuscrite, les textes sont intimement liés à la figuration, qu’il s’agisse des miniatures, de la hiérarchie des lettres ornées, des tables, graphiques ou schémas de toutes sortes. La miniature est la source la plus abondante, la plus variée et la mieux conservée pour l’histoire de la peinture et de l’iconographie médiévales : on a dit, à juste titre, que les manuscrits étaient le plus grand musée de la peinture médiévale. Parce que les effets de mode y sont nettement plus sensibles que dans les écritures, la décoration des manuscrits est aussi un critère essentiel de leur datation et de leur région d’origine. Sans négliger cette dimension d’histoire de l’art, l’IRHT considère les figurations contenues dans les manuscrits comme élément intrinsèque des savoirs qu’ils fixent, adaptent aux périodes traversées et transmettent. Dans les textes littéraires largement entendus, si la figuration vient le plus souvent illustrer le propos du texte, il arrive aussi qu’elle soit le message premier que le texte commente.
Un des grands programmes documentaires de l’IRHT est la constitution d’un vaste ensemble (reproductions en couleur de la totalité de l’iconographie et d’un échantillon représentatif du décor, sur supports photographiques, puis numériques) à partir des manuscrits enluminés des dépôts publics de France (hormis la Bibliothèque nationale de France). Ce programme est doublé d’une importante entreprise de catalogage informatisé, qui est pleinement acte de recherche, appliqué à la fois aux manuscrits et à chaque unité iconographique ou décorative. À cette occasion, l’étude du décor enluminé permet dans de nombreux cas d’affiner la datation, la localisation et la provenance des manuscrits en question.
De nombreux chercheurs et ingénieurs de l’IRHT intègrent l’étude des représentations médiévales dans leurs domaines de recherche, que ce soit les représentations de l’espace, l’histoire des sciences et des encyclopédies, l’iconographie de la Bible et des manuscrits liturgiques ou l’iconographie des miracles de la Vierge.